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A inserção de ensaios ecotoxicológicos como ferramenta de avaliação ambiental é de fundamental importância pois alguns fatores não são avaliados pelas variáveis abióticas, a exemplo da integração da ação de poluentes.
Como os seres vivos respondem a estímulos ante a qualidade ambiental, nestes ensaios são usados organismos pertencentes a diferentes grupos taxonômicos (bactérias, algas, microcrustáceos, peixes) para avaliação da toxicidade de águas e efluentes.
Ressalta-se que os ensaios ecotoxicológicos fazem parte de exigências legais, como a resolução Conama N.357/2005 (antigo Conama 20/86).